《龙族3：黑月之潮上》讲述了，西伯利亚无名港，邦达列夫上校带来了前苏联解体的消息，他与赫尔佐格博士打成协议，将资助博士继续龙族基因方面的研究。临走前突发异变，邦达列夫枪击赫尔佐格，无名港下数千年的冰层里冰冻的龙尸忽然振翅，它的主人零号站在高空中迎击前苏联战机中队，而零号的女孩雷娜塔正躺在下方的冰面上。他们躲过了这次灾难，逃往中国。由于收到日本分部报告，在日本八千公里海沟深处疑似发现一枚龙类胚胎。卡塞尔学院*牌专员组恺撒、楚子航、路明非空降日本。日本分部暨日本黑帮蛇岐八家以贵宾之道接待了他们，在得知这与之前西伯利亚无名港驶来的列宁号有关后，正式开始下潜爆破计划，以经装备部改装过的的里雅斯特号深潜器作为他们的潜水装置。下潜后他们看见了一座龙类的城市以及前苏联的列宁号，三人遭遇幻觉、深潜器即将爆裂等灾难，躲过龙侍的截杀，成功逃回日本海岸……