2017年8月某日。平城学馆中等部三年・朝比奈北斗和镰府女学院中等部一年级・伊南栖羽降落在那霸机场。刀剑类管理局为了参加与美军共同开发的“S装备[风暴装甲]”的运用试验，作为试验安装者参加。当天。另一位刀使抵达了冲绳。绫小路武艺学舍初等部六年燕结芽。她们互相不知道，是没有关系的人。现在还没有。这个故事记录了她们不为人知的斗争。围绕S装备的计谋中，北斗、栖羽、结芽，还有亲卫队和舞草的剑尖交叉。TV动画《刀使巫女》本篇一年前的故事！